Il presidente di SEGA West, Mike Hayes, ha annunciato che Alpha Protocol non ha venduto secondo le aspettative, di conseguenza non verrà realizzato un sequel. “Gli RPG sono grandi progetti, e necessitano di grandi investimenti” ha detto Hayes “Abbiamo deciso che non faremo un sequel”.
Nonostante questo, Hayes ritiene che l’idea dell RPG-spionaggio che sta dietro al gioco, sviluppato da Obsidian Enternaiment , sia brillante.