Nintendo ha già confermato che le console 3DS avranno dei blocchi regionali, ovvero saranno disponibili in tre versioni per diverse macroaree : Giappone, America ed Europa/Australia.
Le ragioni di questa divisione si devono attribuire alle differenze nel modo in cui vengono catalogati i giochi e suddivisi per fasce di età, oltre alle particolarità della rete , che sono importanti per il software scaricabile. Nintendo ha inoltre specificato che le cartucce di gioco saranno a loro volta suddivise in regioni, e non saranno intercompatibili : per una maggiore sicurezza, la compagnia raccomanda di acquistare software nella stessa regione in cui si è acquistata la console.