Il layout dei livelli lascia pochi dubbi: Mega Man Universe si presenta come un insieme di vecchi elementi sotto una nuova veste , a partire dai livelli e dai boss di Mega Man 2 .
Akiko Ito, produttore del gioco, ha infatti confermato che il legame con Mega Man 2 è palese e voluto, ” Mega Man Universe premetterà di vivere Mega Man 2 , ma questo non significa che il gioco sarà uguale : ci stiamo impegnando per ricreare fedelmente i livelli nel nuovo stile , e si potrà giocare così come sono, oppure personalizzarne una parte, oppure ricrearli completamente da zero”.
